L’Eglise Saint-Jean se trouve dans la partie supérieur du monastère d’Hoṙomos. Cette église dont le plan est une salle à coupole a été fondée en 1038 par le roi Hovannes Sembat. Son tambour a disparu, les pendentifs reposaient sur des colonnes engagées et la coupole demi-sphérique est malheureusement écroulée. A l’intérieur, les chapiteaux sont modestement décorés d’une simple moulure, une inscription mentionnait la date de 1336. Les fenêtres en façade sont richement sculptées notamment la double fenêtre orientale. La nef était éclairée par les quatre fenêtres du tambour. L’ensemble de l’église est gravement endommagé. Les murs nord et est sont totalement détruits, ainsi que le tambour et la coupole dont il ne reste qu’un pan de maçonnerie. Dans le mur ouest, on accède au narthex par une porte rectangulaire surmontée d’une fenêtre.

Le narthex est contemporain de l’église. C’est un bâtiment rectangulaire qui a subi des restaurations au cours du XIIIe siècle dont la toiture est supportée par des arcs plein-cintre qui reposent sur quatre colonnes cylindriques. Il est percé de deux portes, l’une à l’est celle qui communique avec l’église Saint-Jean et l’autre à l’ouest. Le tympan comporte une inscription (1038) et l’ensemble de cet édifice est recouvert d’une quarantaine d’inscriptions sur toutes les façades, les arcs intérieurs, les murs du carré central et les compartiments du plafond. La décoration sculptée du campanile octogonal miraculeusement préservée est unique. On trouve des plaques décoratives finement sculptées dont l’une représente une image de Dieu trônant au centre des quatre Vivants (le lion, le taureau, l’aigle et l’homme). Le registre inférieur est constitué des premiers patriarches de l’église arménienne. Une autre plaque est composée de rameaux de vigne et grappes de raisin et deux autres par des khatchkars.